Mezoterapia igłowa i bezigłowa charakteryzują się podobną skutecznością. Każda z metod ma swoich zwolenników, więc w większości przypadków wybór terapii zależy od preferencji pacjenta. Jednakże podczas leczenia większych powierzchni ciała, np. przy redukcji cellulitu, zalecana jest mezoterapia igłowa. Mezoterapia igłowa jest także jedyną metodą, która sprawdza się w przypadku owłosionej skóry, czyli podczas kuracji zapobiegającej łysieniu.
Atutem mezoterapii bezigłowej jest brak śladów nakłuć, siniaczków i niewielkich krwiaków, które mogą wystąpić po mezoterapii igłowej. Mezoterapia bezigłowa jest więc jedną z „kuracji lunchowych”, które są na tyle nieinwazyjne i bezpieczne, że można je wykonać dosłownie w ciągu godzinnej przerwy w pracy.